Paraguachoa était le nom donné à l’île Margarita par ses premiers habitants, les Indiens Guaiqueris. Ce nom signifie « abondance de pêche ». L’île fut visitée vers la fin du xv^e siècle par Christophe Colomb, qui la visita le 15 août 1498 – au cours de son troisième voyage – et lui donna son nom. Baptisé ainsi en l’honneur de l’infante d’Espagne Marguerite d’Autriche, jeune épouse du prince Jean d’Aragon, deuxième enfant des Rois Catholiques Ferdinand II d’Aragon et Isabelle I^re de Castille.

Un quart de siècle plus tard, elle fut concédée par une capitulation de l’empereur Charles Quint, le 18 mars 1525, à Marcelo de Villalobos.

Par la suite, la découverte d’importants bancs d’huîtres perlières attira l’attention de nombreux pirates et des conquistadors espagnols. Le développement de cette activité entraîna le début de l’esclavagismedans l’île, dont furent victimes les indigènes Guaiqueris. Ceux-ci reçurent les conquistadors fraternellement, sans savoir qu’ils allaient être convertis en esclaves de leur propre richesse.

C’est durant l’époque coloniale qu’ont été fondées les villes et leurs dépendances pour l’administration de cette province : La Asunción, capitale de l’État de Nueva Esparta et Porlamar, la ville la plus commerciale de la région.

Margarita n’échappa pas à l’activité de la piraterie qui — au cours des xvi^e et xvii^e siècles — dévastait la région de la mer des Caraïbes. Tout au long de la période coloniale, elle eut à subir de nombreuses attaques de pirates (ainsi on a compté quatorze assauts entre 1565 et 1595), et pour cette raison elle dut se fortifier. Des sept forteresses construites, il en reste deux : le Castillo de San Carlos de Borromeo, situé à Pampatar et le Castillo de Santa Rosa, à La Asunción. Ces différentes forteresses et sites historiques que l’on peut voir sur l’île sont le témoignage de ces trois siècles de domination espagnole, qui prit fin en 1811, lorsque le libertador Simón Bolívar déclara l’indépendance du Venezuela.

Le 4 mai 1810, la province de Margarita s’était ralliée à l’appel à l’indépendance lancé – en avril de la même année – par la province de Caracas. Le 5 juillet 1811, elle a été une des sept provinces qui ont signé l’Acte de l’Indépendance du Venezuela, décision qui lui a valu l’attribution de l’une des huit étoiles qui ornent aujourd’hui le drapeau national (la huitième étant placée en l’honneur de Simón Bolívar).